薛定谔完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？

如何用pymol分离受体和配体，然后分别保存成两个.pdb文件？

把autodock对接后的结果保存出bai来，用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了。用PYMOL可以做的。

将autodock的小分子导出PDB格式，大分子部分也导出PDB格式。在maestro中有merge这一项，整合成一个完成的complex形式。在PYMOL中与晶体复合物align，可以得到叠合模式图。

受体与配体之间结合的结果是受du体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。

扩展资料：

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。

软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

参考资料来源：百度百科-PyMol

分子对接2d图怎么分析

分子对接2d图用Autodock-Vina分析。

在开始蛋白-分子的互作分析前，我们当然需要一个蛋白-分子结合文件图，即一个PDB文件。通常，在使用软件完成蛋白-分子对接后，我就能利用对应的软件去提取蛋白-分子结合的文件，即PDB文件。不同的软件有不同的方法。

以Autodock-Vina为例。

PTGS2.pdb：原始的受体蛋白，包含了这个晶体自带的配体。

PTGS2.pdbqt：受体蛋白，经过处理从PDB转化成PDBQT格式wend。

Paeonol.pdbqt：小分子，我是利用Open Babel直接从MOL2格式转成PDBQT格式。

Paeonol.zip：Windows下，利用PaDEL-ADV对接运行完成后，产生的对接结果压缩文档。

result.csv：记录对接得分的csv文件。

Paeonol.out.pdbqt：对接运行记录文档。

Paeonol.out_ligand_1.pdb：对接得分1中小分子pdb格式文件，小分子的空间结构发生了改变以便与PTGS2结合，同时其记录的分子结构的空间坐标与原始的分子文件不同。

当前分子的空间坐标已经与PTGS2受体文件的空间相适应，以便于后期组装成蛋白-分子复合物。不同的得分2-9，分别对应不同的分子文件。

Paeonol.out_ligand_1.pdb：对接得分1中小分子PDBQT格式文件。

Paeonol.pdb：原始的Paeonol小分子PDB格式文件。

分子对接dlg文件很小

文件很小是正常的，这个文件本来就不大，一般有50对就是正确的结果。你可以对照以下步骤，判断你的操作是否有误：

1. 蛋白的pdbqt准备：包括加氢、计算电荷、添加原子类型

打开AutoDockTools，菜单栏File->Read Molecule,选择蛋白的pdb文件，点击打开。

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式。

1.1加氢：菜单栏Edit->Hydrogens->Add，选择All Hydrogens或Polar Only，点击OK。

1.2计算电荷：菜单栏Edit->Charges->Compute Gasteiger，点击确定。

1.3给蛋白添加原子类型：菜单栏Edit->Atoms->Assign AD4 type。

1.4导出为PDBQT文件：菜单栏File->Save->Write PDBQT，点击OK，此时可在工作目录下看到多了一个pdbqt文件。

2.小分子的pdbqt准备：Edit->Delete->Delete Molecule，删除蛋白

2.1打开小分子，查看电荷：通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open，选择小分子结构文件（pdb或mol2），点击打开，弹出的对话框，点击‘确定’

刚才这个对话框里面有个提示，就是小分子的总电荷数不是整数，所以要调整下。

菜单栏Edit->Charges->Check Totals on Residues”，弹出对话框，点击Spread Charge Deficit over all atoms in residue，使电荷均匀分配，然后点击“Dismiss”

2.2判定配体的root：ADT菜单栏：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 选择配体可扭转的键：Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions，弹出对话框。

其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键，点击“Done”。如果要设置某个键不可扭转，那么先按住shift键，然后鼠标单击即可（颜色变成紫色）。

2.4导出为PDBQT：ADT菜单栏Ligand->Output->Save as PDBQT。

3 正式对接

3.1 Grid打开蛋白：Grid->Macromocule->Open，打开保存的蛋白的pdbqt文件。弹出的对话框，点击Yes及确定确定

3.2 Grid 打开小分子：Grid->Set Map Types->Open ligand。打开保存的小分子的pdbqt文件

3.3 设置GridBox：Grid->Grid Box，出现Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。

设置完成后点击Grid Options 菜单中：File->Close saving current （保存并关闭对话框）。

3.4保存gpf文件：ADT菜单栏：Grid->Output->Save GPF，对话框中，输入文件名。注意：不要省略后缀名。

3.5 运行autogrid：Run->Run Autogrid，Parameter Filename选择刚才保存的gpf文件，点击Launch。默认输出glg文件，运行完成后，出现多个map文件。

4. 进行对接

4.1 Docking打开蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid Filename，选择保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打开小分子：Docking->Ligand->Open，选择保存的小分子的pdbqt文件。对话框选择Accept

4.3 Docking设置算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept采用默认设置

注：选择Local Search Parameters是为了快速计算，也可选Genetic Alogorithm，计算更精确一些。如果这里算法改变，对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。

4.4 Docking设置对接参数：Docking->Docking Parameters，选择Accept采用默认设置

4.5 Docking导出为dpf对接参数文件：Docking->Output->Local Search（4.2），输入文件名。注意：加上后缀名.dpf

4.6 进行对接：Run->Run AutoDock，Parameter Filename选择刚才保存的dpf文件，点击Launch。

运行完成后，多出一个dlg文件，这就是对接的最终结果，一般有50种对接方式。

分子对接是用cpu还是gpu

分子对接的基本原理就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补和能量互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的优劣，最终找到这两个分子之间最佳的结合模式。 分子对接分为刚性、半柔性和柔性对接。不同的对接软件又可以分为：商业软件和学术软件，而分子对接的计算结果，则体现为打分函数的不同。目前用的比较多的分子对接软件有：AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock，这些都是学术软件；商业软件有：Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock、LigandFit、FlexX等等。 做分子对接，一般对接的分子量都很大，到底有多大？就是很大！ 我来举个例

分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理

分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理 我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除，然后还是需要优化下的。不过我也是新手，不知道这么做有没有问题。。